L'attuale Programma di Selezione è normato dalla Delibera di Commissione Tecnica Centrale del 18-4-1996 e può essere riassunto così:
La produzione di stalloni viene favorita dal Piano di Accoppiamenti Programmati (P.A.P.) che annualmente individua gli stalloni e le fattrici aventi i requisiti per l'inserimento.
Lo schema di selezione può essere così graficamente rappresentato:

Tale schema di selezione è finalizzato a produrre un cavallo con morfologia e sviluppo adatti alle esigenze del Turismo Equestre, conservando i caratteri tipici della razza Haflinger e l'armonia funzionale.
Per realizzare il Programma di Selezione del Cavallo Haflinger, l'Associazione Nazionale Allevatori Cavalli di Razza Haflinger - Italia, si serve di:
ISCRIZIONE DEI NUOVI STALLONCINI AL LIBRO GENEALOGICO
La valutazione dei nuovi stalloncini viene effettuata nell'annuale Raduno unico di Merano dove i soggetti aspiranti alla rimonta del Parco Stalloni vengono valutati. In seguito alla valutazione vengono elaborati gli indici genetici : entrano a fare parte del Parco Stalloni solo i soggetti che si piazzano entro il 150° posto in ordine di Indice di Merito Totale (IMT).
RADIAZIONE DI SOGGETTI DAL REGISTRO STALLONI
Gli stalloni che si piazzano oltre il 250° posto in ordine di Indice di Merito Totale (IMT) vengono contrassegnati da un asterisco e gli Allevatori vengono consigliati di non effettuare accoppiamenti con tali soggetti. L'anno successivo, gli stalloni che confermano tale piazzamento in graduatoria, vengono radiati dal Registro Stalloni.